Nuclease protection assay เป็นเทคนิคทางห้องปฏิบัติการทางชีวเคมีและพันธุศาสตร์สำหรับบ่งชี้อาร์เอ็นเอที่จำเพาะในอาร์เอ็นเอที่สกัดออกมาจากเซลล์ เทคนิคนี้สามารถบ่งชี้อาร์เอ็นเอที่รู้ลำดับเบสถึงแม้จะมีระดับความเข้มข้นที่ต่ำ โดยอาร์เอ็นเอจะถูกรวมกับ antisense RNA probes หรือ DNA probes ที่สามารถจับ (complementary) กับลำดับเบสที่ต้องการซึ่งจะอยู่ในรูปของอาร์เอ็นเอสายคู่ (double-stranded RNA) หรือ การจับกันของดีเอ็นเอ-อาร์เอ็นเอ (DNA-RNA hybrid) หลังจากนั้น จะนำไปใส่ ribonuclease ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่จะตัดอาร์เอ็นเอสายเดี่ยว (single-stranded RNA) เท่านั้น เมื่อปฏิกิริยาสมบูรณ์อาร์เอ็นเอสายเดี่ยวจะถูกตัดเป็น oligomer สายสั้น ๆ แต่อาร์เอ็นเอสายคู่ซึ่งมีลำดับเบสที่เราสนใจจะไม่ถูกตัดไป